Secara nasional organisasi Kementerian Agama (dahulu
Departemen Agama) resmi terbentuk pada tanggal 3 Januari 1946, bertugas
membimbing dan mengendalikan kehidupan beragama sesuai dengan pembukaan UUD 1945 dan sebagai realisasi dari pasal 29 UUD 1945.
Ketika wilayah Sulawesi Selatan dan
Tenggara masih merupakan wilayah satu provinsi yakni Provinsi Sulawesi
Selatan dan Tenggara, instansi Departemen Agama di tingkat Provinsi
ketika itu bernama Jawatan Urusan Agama (JAURA)
berkedudukan di Makassar, Sulawesi Selatan. Kepala Jawatan Urusan Agama
yang pertama dijabat oleh Bapak Gazali (1950-1952), yang berkantor di
Jalan Jenderal Ahmad Yani Makassar (sekarang Kantor Polwiltabes
Makassar). Kantor Jawatan Urusan Agama ini bertugas sebagai perpanjangan
tugas pemerintah pusat pada bidang agama dan keagamaan di tingkat
provinsi. Setelah Bapak Gazali menjabat kepala Jawatan tahun 1950-1952,
dilanjutkan oleh Bapak Ismail Napu (tahun 1952-1955) dan selanjutnya H.
Zainuddin (1955-1960).
Pada tahun 1960, Kantor Jawatan Urusan
Agama Provinsi Sulawesi Selatan dipindahkan dari Jalan Jend. Ahmad Yani
ke Jalan WR. Supratman pada masa Bapak Rahman Tahir (1960-1962). Pada
tahun 1964, dijabat oleh KH. Badawi (1962-1964) terjadilah peralihan
wilayah administrative provinsi Sulawesi Selatan dan Tenggara dibagi
menjadi dua wilayah. Provinsi Sulawesi Tenggara berdiri sendiri sebagai
satu wilayah administrative, ditandai dengan keluarya Undang-Undang
Nomor 13 Tahun 1964.
Seiring dengan tuntutan pelayanan
pemerintahan, maka pada masa jabatan KH. Hasan (1967) Kantor Jawatan
Urusan Agama berubah nomenklaturnya menjadi Kantor Perwakilan Departemen
Agama Provinsi Sulawesi Selatan. Perubahan nomenklatur ini diharapkan
dapat memberikan pelayanan yang optimal kepada masyarakat, khususnya di
Sulawesi Selatan. Perubahan nomenklatur ini juga, menjadikan lokasi
kantor dipindahkan ke jalan Nuri hingga sekarang ini, pada saat itu
dijabat oleh Bapak KH. Muh. Siri (1967-1970.
Berdasarkan Kepres Nomor 44 tahun
1974, Keputusan Menteri Agama Nomor 18 Tahun 1975 tentang Kedudukan,
tugas pokok, fungsi serta susunan dan tata kerja Departemen Agama, maka
instansi Departemen Agama tingkat provinsi berubah nomenklaturnya
menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama, termasuk Kantor Wilayah
Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan.
Seiring dengan perkembangan dan
semakin luasnya cakupan wilayah kerja, maka nomenklatur Perwakilan
Departemen Agama dirubah menjadi Kantor Wilayah Departemen Agama
Provinsi Sulawesi Selatan.
Perubahan nomenklatur ini, dilatari
dengan semakin luasnya cakupan wilayah kerja pemerintahan, sehingga
tuntutan pelayanan yang lebih khusus dan optimal terkait dengan
pembinaan agama dan keagamaan di Sulawesi Selatan menjadi suatu
keniscayaan pada saat itu. Posisi Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama
pada saat itu dijabat oleh Bapak H. Muh. Ali Mabham Dg. Tojeng (tahun
1970-1975).
Pada tahun 2005, dilakukan serah
terima asset oleh Kanwil Departemen Agama Provinsi Sulawesi Selatan
kepada Kanwil Departemen Agama Provinsi Sulawesi Barat, yakni 3 (tiga)
Kantor Departemen Agama Kabupaten yang dibawah wilayah Provinsi Sulawesi
Barat, seperti Kabupaten Polewali Mamasa, Majene dan Kabupaten Mamuju
pada saat itu.
Pada tahun 2010, atas terbit Keputusan
Menteri Agama Nomor 1 Tahun 2010 tentang perubahan Departemen menjadi
Kementerian, maka nama Departemen Agama dirubah menjadi Kementerian
Agama. Saat ini Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi
Selatan secara struktural membawahi 23 Kantor Kementerian Agama
Kabupaten / Kota se Sulawesi Selatan.
Pelaksanaan kegiatan dan program
Kantor Wilayah Kementerian Agama Sulawesi Selatan, tetap mengacu pada
tugas dan fungsi Kantor Wilayah Kementerian Agama sebagaimana diatur
dalam Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 372 Tahun 2006
tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Kementerian Agama
Provinsi dan Kabupaten/Kota.