Perkembangan madrasah ini dimulai sejak terpilih sebagai salah satu madrasah sasaran MEDP (Madrasah Education Development Project) sebuah program Dirjen Pendis Kemenag Pusat dibawah koordinasi Seksi Mapenda pada Departemen Agama Kab. Bantaeng 10 tahun yang lalu bersama 10 Madrasah sasaran lainnya yang ada di Kab. Bantaeng.
Sejak saat itu MA Muhammadiyah Bantaeng mulai bermetamorfosa dan berhasil keluar dari kesan sebagai Madrasah kumuh dan tak diperhitungkan menjadi Madrasah unggulan dan favorit serta berprestasi diantara sekian banyak Sekolah-sekolah umum yang ada disekitarnya.
Dengan segala perubahan dan peningkatan prestasi baik guru maupun para siswa tersebut, MA Muhammadiyah Bantaeng pun tak lupa dengan khittahnya sebagai lembaga pendidikan keagamaan ditengah peradaban serba berkemajuan ini
Madrasah Aliyah Muhammadiyah Kab. Bantaeng dibawah sentuhan para tenaga pendidik dengan berbagai latar belakang kependidikan juga ditunjang dengan lingkungan Madrasah yang berada dalam kompleks Masjid Raya Bantaeng, sebuah kompleks wakaf dari Perserikatan Muhammadiyah Kab. Bantaeng telah berhasil membangun sistem dan budaya Shalat Berjamaah yang dilanjutkan dengan ceramah ba'da Dhuhur yang dilakukan secara mandiri tanpa dikomando oleh guru pembina.
Menurut H. Salahuddin SR, S.PdI, M.PdI salah seorang guru pada Madarasah MA Muhammadiyah Kab. Bantaeng pengampu bidang study Al-Quran Hadist bahwa rutinitas tersebut telah berlangsung secara berkesinambungan dan telah berlaku pada setiap kelas di setiap angkatan dengan membangun sebuah sistem, sehingga rutinitas ini telah berjalan secara mandiri tanpa dikomanndo lagi oleh guru pembimbing.
Semoga kondisi ini akan tetap terjaga bukan hanya pada jam sekolah namun juga terlebih pada saat pulang kerumah dan berada dilingkungan keluarga dan masyarakat sehingga ide Gerakan Siswa Masuk Masjid yang dicanangkan bapak Kepala Kantor Kemenag Bantaeng dapat terwujud.
